Die Kirchengemeinde Bad Aibling ist im Vergleich zu den anderen Gemeinden im Kirchenbezirk Rosenheim eine noch recht junge Gemeinde: Sie entstand im Jahr 2000 durch die Zusammenlegung der beiden Kirchengemeinden Bruckmühl und Kolbermoor.
Eine besondere Herausforderung der organisatorischen Zusammenführung bestand darin, dass diese beiden Gemeinden zwei unterschiedlichen Kirchenbezirken angehörten: Burghausen (heute Rosenheim) und München Süd.
Am 22. Januar 1984 wurden die Kirchenbezirke neu geordnet und die Gemeinden Kolbermoor, Rosenheim, Prien und Wasserburg dem damaligen Bezirk Burghausen zugeteilt. Die Kirchengemeinde Bruckmühl blieb vorerst beim Bezirk München Süd. Strukturbedingt wurden in der Folge die beiden Kirchengemeinden Bruckmühl und Kolbermoor zusammengelegt und in der geografischen Mitte dieser beiden Städte - Bad Aibling - eine neue Kirche gebaut. Diese neue Kirchengemeinde gehörte dann zum damaligen Kirchenbezirk Burghausen.
Aus den beiden zusammengeführten Gemeinden entstand eine lebendige Kirchengemeinde, die sich bei musikalischen Angeboten wie Gemeindechor- und Orchester engagiert einbringt oder auch bei gemeinsamen Freizeitaktivitäten aktiv ist.
Bad Aibling startete unter der Leitung von Gemeindevorsteher Priester Markus Gassner, der bereits Vorsteher der Kirchengemeinde Kolbermoor war, ins neue Jahrtausend. Unterstützt wurde er in seiner Aufgabe von zwei Priestern (Rolf Becker aus der Gemeinde Bruckmühl und Helmut Kumbein aus Kolbermoor) und zwei Diakonen (Michael Werner und Andreas Heiss aus Kolbermoor). Im Jahr 2003 zog Priester Holger Fiess mit seiner Familie zu.
Im Juni 2005 ging Markus Gassner in den Ruhestand und Bezirksevangelist Norbert Ott wurde übergangsweise mit der Aufgabe des Gemeindevorstehers betraut. Seit November 2005 ist Priester Holger Fiess als Gemeindevorsteher beauftragt. Die rund 40 Gemeindemitglieder werden durch zwei weitere Priester und zwei Diakone seelsorgerisch betreut.