Durch die Verhältnisse während des Zweiten Weltkrieges gelangte der Bezirksälteste Rudolf Rödiger, Leiter des Kirchenbezirks Cottbus, nach Trostberg. Nach dem Krieg im Jahr 1947 besuchte er zunächst die Gottesdienste in den neuapostolischen Kirchengemeinden Rosenheim/Kolbermoor und später Töging - für letztere wurde er im April 1950 von Apostel Schall, dem Leiter des Kirchenbereichs Württemberg und Bayern, als Priester und Vorsteher beauftragt.
Bereits in den 1950er Jahren begann man in der Trostberger Wohnung der Familie Rödiger jeden ersten und dritten Sonntag im Monat Gottesdienst zu feiern. Am 15. Oktober 1958 verstarb Rudolf Rödiger nach schwerer Krankheit.
Die Trostberger Gläubigen besuchten bis zum Jahr 1961 die Gottesdienste in Töging und wechselten dann bis 1967 zur nähergelegenen neuapostolischen Kirchengemeinde in Traunstein.
Auf Veranlassung von Bezirksevangelist Günter Werlein, dem stellvertretenden Leiter des Kirchenbezirks Burghausen, fanden ab 1967 regelmäßig Gottesdienste in Trostberg statt. Den ersten Gottesdienst hielt Evangelist Hermann Herkel aus Neumarkt/St. Veit am 23. Juli 1967 in einem von der Stadtverwaltung zur Verfügung gestellten Raum im Rathaus. Im Rahmen des Gottesdienstes am 29. Dezember 1967 wurde in diesen Räumlichkeiten die erste Heilige Wassertaufe in Trostberg vollzogen.
In den Folgejahren fanden sich die Gläubigen zunächst zum Gottesdienst im Rathaus und später in einem Nebenraum des Hotels „Zur Post“ ein. Seelsorgerisch betreut wurden die Kirchenmitglieder in dieser Zeit durch die Amtsträger der Kirchengemeinde Waldkraiburg. Evangelist Helmut Hartl leitete die Gemeinde Trostberg bis ins Jahr 1986 als Vorsteher.
1976 veranlasste Bezirksapostel Eugen Startz, der Leiter der Gebietskirche Bayern, den Kauf eines Anwesens durch die Kirchenverwaltung in der Nikolaus-Streicher-Straße 1. Der Laden des Wohnhauses wurde zu einer kirchlichen Versammlungsstätte umgebaut, sodass Bischof Bahrmann am 10. Oktober 1976 den Weihegottesdienst durchführen konnte.
Im Jahr 1995 erfolgte der Abriss des inzwischen baufällig gewordenen Gebäudes, damit Platz für ein Neubau entstand. Im selben Jahr konnte noch mit den Bauarbeiten begonnen werden.
Für die Dauer eines Jahres durfte die Gemeinde anfangs das heutige Gebäude der Volkshochschule und später die Kapelle des Klosters Schedling für die Gottesdienste nutzen. Beide Räumlichkeiten wurden erneut von der Stadt Trostberg zur Verfügung gestellt.
Das neue Kirchengebäude in der Nikolaus-Streicher-Straße konnte am 25. Juli 1996 durch die Kirchenmitglieder bezogen und von Bischof Wolfgang Zenker geweiht werden.
Am 6. März 1986 wurde Priester Roland Rödiger als Vorsteher der Gemeinde beauftragt bis er am 18. März 2010 in den Ruhestand trat und Priester Gerhard Gräbe von Apostel Zenker, Leiter des Kirchenbereichs München, als Vorsteher für die Gemeinde Trostberg gesetzt wurde. Gerhard Gräbe wurde am 18. März 2012 in den Ruhestand verabschiedet und seither leitet Priester Gerd Wolferstetter die Kirchengemeinde als Vorsteher und wird von einem weiteren Priester und zwei Diakonen in der Seelsorgearbeit unterstützt.
Im Jubiläumsjahr 2017 zählt die neuapostolische Kirchengemeinde Trostberg rund 50 Mitglieder.