Bedingt durch die Ansiedlung von Industriebetrieben und dem wirtschaftlichen Aufschwung zogen in der Zeit nach dem Ersten Weltkrieg auch einige neuapostolische Gläubige nach Töging. Zuerst besuchten die Gläubigen die Gottesdienste im etwa 35 km entfernten Braunau. Am 26. Dezember 1939 hielt Hirte Seibertseder aus Salzburg den ersten Gottesdienst in Töging.
Während und bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs wurde die kleine Gemeinde von Priester Schmalhofer aus Simbach am Inn unter großem persönlichem Einsatz seelsorgerisch versorgt. Nach dem Kriegsende kamen viele geflüchtete Menschen nach Töging. Am 28. Mai 1949 hielt Bezirksältester Eugen Startz einen Gottesdienst und beauftragte das Gemeindemitglied Hübner, einen Raum für die Gottesdienste zu finden, die bis dahin in dessen kleiner Küche stattfanden.
Am 9. April 1950 erhielt die Gemeinde in Priester Rudolf Rödiger aus Trostberg ihren ersten Vorsteher. Die Gemeinde wuchs bis zum Jahr 1958 auf 119 Mitglieder an und hatte als Einzugsgebiet einen Durchmesser von etwa 75 km - von Trostberg bis Eggenfelden und von Simbach bis Waldkraiburg. Nach dem Tod von Priester Rödiger am 13. Oktober 1958 wurde Priester Hübner als Vorsteher beauftragt. Gleichzeitig wurde die Kirchengemeinde Töging aufgeteilt und die Kirchengemeinden Hirschhorn/Eggenfelden mit 26 Mitgliedern, Waldkraiburg mit 22 Mitgliedern und Burgkirchen/Burghausen mit 20 Mitgliedern wurden gegründet.
Priester Hübner leitete die Gemeinde Töging bis er am 1. November 1968 in den Ruhestand trat. Sein Nachfolger wurde Priester Helmut Haslinger, der in seiner Aufgabe von Priester Ludwig Mittermeier und den Diakonen Rüdiger Kumbein und Horst Haslinger unterstützt wurde. Evangelist Hermann Herkel aus Neumarkt/St. Veit, der zeitweise Vorsteher der Gemeinde Eggenfelden war, setzte sich ebenfalls unermüdlich für die Gemeinden Töging und Simbach ein – u.a. als Dirigent des großen Töginger Gemeindechors.
Im Jahr 1976 war in der Nachbarstadt Mühldorf am Inn durch viel Eigenleistung der Gemeindemitglieder ein Kirchenraum hergerichtet worden, sodass eine neue Kirchengemeinde gegründet werden konnte, die durch die Amtsträger der Gemeinde Töging betreut wurde.
In der weiteren Entwicklung erhielt die Gemeinde Töging ein eigenes Kirchengebäude in der Egerlandstraße 44, das durch Apostel Startz im November 1982 eingeweiht wurde.
Der Vorsteher der Gemeinde, Helmut Haslinger, der seit dem 23. August 1998 als Bezirksevangelist ein erweitertes Gebiet zu betreuen hatte, wurde am 2. Oktober 2003 von seiner Aufgabe als Vorsteher entlastet und Priester Horst Haslinger als Vorsteher beauftragt. Er fand Unterstützung in Priester Mittermeier und den Diakonen Robert und Markus Gerstner sowie Priester Norbert Möller aus der zwischenzeitlich aufgelösten Kirchengemeinde Mühldorf.
Von Anfang 2009 bis Ende 2014 wurde die Kirchengemeinde durch Hirte Hartl, dem Vorsteher der Kirchengemeinde Waldkraiburg, mitbetreut. Am 19. November 2014 übernahm wieder Priester Horst Haslinger als Vorsteher die Leitung der Gemeinde.
Im Jahr 2018 zählt die Kirchengemeinde rund 130 Mitglieder, darunter vier Jugendliche und 13 Kinder. Die Gemeindemitglieder werden neben dem Vorsteher von zwei weiteren Priestern sowie einem Diakonen und fünf Gemeindehelfern betreut. Die Mitwirkung aller Amtsträger erfolgt ehrenamtlich und konzentriert sich auf den Gemeindedienst und die Seelsorge.