Die ersten Gottesdienste der Neuapostolischen Kirche in Prien wurden zu Beginn der 1960er Jahre in der ehemaligen Jugendherberge in Prien durch Amtsträger aus dem Kirchenbezirk München gehalten.
Im Jahr 1962 zog Gemeindeevangelist Friedrich Ullrich mit seiner Familie von Schwäbisch Hall nach Marquartstein und erhielt von Apostel Eugen Startz den Auftrag, in Prien nach einer geeigneten Versammlungsstätte zu suchen und dort eine Gemeinde zu gründen.
Ab dem 1. Mai 1966 fand sich in einem Wohnhaus in der Schützenstraße 4 ein geeigneter Versammlungsraum. Vor allem im Sommer besuchen auch sehr viele Urlaubsgäste die Gottesdienste, sodass der damalige Platz kaum ausreichte.
Am 13. November 1966 hielt Gemeindeevangelist Friedrich Ullrich die erste Taufe in der Kirchengemeinde. Apostel Startz besuchte die Gläubigen erstmals am 28. Juli 1968. In diesem Gottesdienst empfingen vier Seelen das Sakrament der Heiligen Versiegelung und Bernd Ullrich, der spätere Vorsteher der Gemeinde, erhielt das Unterdiakonenamt.
Gemeindeevangelist Friedrich Ullrich trat am 16. Juni 1970 in den Ruhestand und Bernd Ullrich, seit 23. Januar 1969 im Priesteramt, wurde als Gemeindevorsteher beauftragt.
Ab dem 1. Februar 1973 konnte das erworbene Wohnhaus in der Hochplattenstraße 16 durch den teilweisen Umbau für kirchliche Zwecke eingerichtet werden.
Diese Versammlungsstätte diente der wachsenden Gemeinde für fast 20 Jahre als Gottesdienstort. Da auch hier der Platz, vor allem während der Urlaubszeit, bald nicht mehr ausreichte, wurde im Jahr 1984 von der Kirchenverwaltung ein Grundstück gekauft und im Jahr 1992 mit dem Bau einer neuen Kirche begonnen.
Am 19. Dezember 1993 wurde der Kirchenbau in der Alte Bernauer Straße 12 durch Apostel Paul Hepp eingeweiht.
Gemeindeevangelist Bernd Ullrich trat am 11. Oktober 2007 nach 37jähriger Beauftragung als Vorsteher in den Ruhestand. Ihm folgte als Gemeindevorsteher – und ab 13. November 2016 zusätzlich als Bezirksevangelist des Kirchenbezirks Rosenheim – Andreas Sargant nach. Er leitete die Gemeinde bis ihn am 8. Dezember 2019 Stammapostel Schneider zum Apostel für den Kirchenbereich München ordinierte.
Für eine Übergangszeit von sieben Wochen übernahm Bezirksältester Thomas Stampf kommissarisch die Aufgaben des Gemeindevorstehers bis am 26. Januar 2020 Hirte Heinz-Peter Hungbaur mit der Leitung der Kirchengemeinde Prien durch Apostel Sargant beauftragt wurde.
Am 11. Juli 2021 wurde Priester Torsten Böhme im Rahmen eines Gottesdienstes von Apostel Andreas Sargant als neuer Gemeindevorsteher beauftragt. Bezirksapostel Michael Ehrich, Präsident der Gebietskirche Süddeutschland, entlastet mit dieser Nachfolgeregelung Hirte Heinz-Peter Hungbaur, der zusätzlich zu seiner Beauftragung als Vorsteher der Kirchengemeinde Rosenheim seit einem Jahr den Bezirksvorsteher Thomas Stampf in der Leitung des Kirchenbezirks Rosenheim als Stellvertreter unterstützt.
Die Kirchengemeinde Prien zählt heute mit ihren 114 Gläubigen zu einer der größten Gemeinden des Kirchenbezirks. Neben dem Gemeindevorsteher betreut noch ein Diakon die Gläubigen in Prien. Unterstützt werden sie in ihrer ehrenamtlichen Arbeit von sechs Gemeindehelfer*innen.